教學部成立於 2006 年5月，以推動醫學教育發展及提升臨床教學品質為使命，期待能為未來的醫師及醫事人員奠立豐厚的學識素養，具備耶穌基督愛人如己的心，以能提供病人更優質的醫療關懷與服務。

　　教學部設有部主任一名，棣屬於教學副院長，下設行政中心、圖書館及五大教學中心，各教學中心簡介如下：
教師培育中心

醫師養成中心

醫事訓練中心

臨床技能中心

實證醫學中心