根據《人體器官移植條例》第 4 條規定:「醫師自屍體摘取器官施行移植手術，必須在器官捐贈者經其診治醫師判定病人死亡後為之。」
病人曾經簽署過器官捐贈同意書且具有捐贈意願，或家屬有捐贈意願，在評估其器官及組織功能良好，經醫師判定死亡後，方可進行器官捐贈。
現行死亡判定可分為「心臟死」及「腦死」:
心臟死後器官捐贈
符合《安寧緩和醫療條例》第三條第二項所稱之末期病人，經醫生評估符合器官捐贈條件，得於同意撤除維生系統並經醫師判定死亡後，捐贈肝臟、腎臟及眼角膜等其他組織。
腦死器官捐贈
腦死即腦幹死，腦幹功能不可逆的完全喪失。腦幹俗稱生命中樞，就像一棵樹的樹根壞死，人的腦幹一旦壞死失去功能，即無法維持基本的呼吸、心跳、血壓等生命徵象，即使使用呼吸器、葉克膜、藥物及先進加護病房設備，腦死病人亦會在有限的時間內 ( 一般約數小時，至多兩星期 ) 心跳停止，無論如何努力，腦死病人都無法長期運用醫療技術維持生命徵象，因此在醫學倫理上，才同意腦死病人可作為器官捐贈者。